Fundada el 28 de Agosto de 1970, sus socios fundadores son los Doctores José Ramírez Degollado como su primer Presidente, Rafael Tinajero Ayala, Javier Elizondo Rivera, Rubén López Reyes, Ramón Boom A, Alberto Ragasol, Enrique Santoyo, Carlos Varas y Alfonso Albarrán.
Difunde la práctica de la especialidad con la Reunión Nacional de Endoscopia como su evento más importante. Hasta la fecha se han realizado XXXVI Reuniones Nacionales, de las cuales la última fue en la ciudad de Cancún, Quintana Róo en Septiembre de 2009.
Se ha instituido dentro de la Reunión Nacional: cursos en vivo, diversos talleres y prácticas de procedimientos en modelos animales. En estos, han participado y seguirán participando profesores nacionales y extranjeros de reconocido prestigio. Además se cuenta con el aval de estos cursos por parte de la Sociedad Americana de Endoscopia Gastrointestinal (ASGE), de la Sociedad Interamericana de Endoscopia Digestiva (SIED), de la Organización Mundial de Endoscopia Digestiva (OMED), del Colegio Americano de Gastroenterología y de la Asociación Americana de Gastroenterología (AGA).